1644年甲申之变，崇祯自缢于煤山，明朝灭亡。随后，清兵大举入关，铁骑所到之处，“留发不留头，留头不留发”，企图以武力来威胁人民臣服。 在“民社既屋”之际，有民族气节的文人、学士，或树起义旗抗清，或削发为僧，走向空山荒刹。 1645年农历八月二十七日，叶燮一大早起来，与三个兄弟，随父亲在家庵圆通庵，和家人挥泪泣别，乘一叶扁舟，冒着飘泼大雨，驶向茫茫分湖，开始居无定所，出没飘摇的流亡生涯，谁都不会想到，这一去，竟再也没有回来，故乡，从此成为遥不可及的梦。

　　秋风瑟瑟，芦叶飞花，凄凄秋雨裹挟着漫无方向的离人之途。船行过处，遭受兵火之劫的土地满目荒凉，到处是颓墙废桓，路上尽是逃难的人群，扶老携幼。直到九月十二日，打听到杭州城外皋亭山华桐坞有个叫安庐的地方，较为安全，叶燮立即动身前往，联系妥当后，将父亲等人接到安庐，暂时歇脚。流亡途中的生活，让叶燮真切地感受了人情冷暖。在皋亭山住了两个多月，在此期间，既无法让家中知道他们流亡的情况，更无从知道家中会发生什么变故。寄居的庵主主动提出来愿代劳去分湖跑一趟，本以为有些油水可捞的庵主没想到叶家竟相当贫困，回到山中立刻毫不客气地下了逐客令。 与庵主相对照的是周围的人家平日对叶家父子就很照顾，听到被赶走的消息，借了船送叶燮父子离开，也亏得他们帮忙，才侥幸躲过清兵的盘查，重新雇船再走。

　　到下一年(1646)农历四月，叶燮父子辗转进入太湖，先后在太湖周边的寺、庵中避难。一路上，叶燮他们大多寄住在寺、庵，使叶燮有机会观摩佛事的礼仪，与僧人讨论佛学，象奉慈庵迎如来佛像的仪式，圣恩寺说戒受戒的仪式等，既让叶燮对佛理及佛事有直观的感性认识，也给叶燮的流亡生活以些许的精神调节和慰藉，暂时忘却流亡的痛苦，同时对叶燮的学术和创作有深刻的影响。 在太湖中相对平静的生活转瞬即逝，清兵疯狂搜捕、屠杀江南抗清义士的消息传到太湖中，叶绍袁也在追捕的名单中，不久，杨廷枢等人被捕杀害，叶燮父子只得离开太湖。 叶燮雇小船陪同父亲由水路前往浙江，一路上困难重重，经过平望时，清兵设了重重关卡，叶燮与父亲化妆成农民，弃船上岸，绕道而行，在莺 湖边与船只会合，重新上船，先到嘉善，随后，赶往浙江平湖，那已经是1647年的夏天。平湖冯家，是叶绍袁的外婆家，叶燮在平湖陪伴年迈多病的父亲，直到父亲病逝。